Saison 1 (2008 / 2009)
Il y a vingt ans Uther Pendragon, souverain de Camelot, a ordonné l'exécution de tous les sorciers et l'extermination de tous les dragons à l'exception d'un seul, le Grand Dragon, qui vit enchaîné dans les profondeurs du château. Depuis cette Grande Purge, la magie est bannie dans tout son royaume.
Un jeune magicien, Merlin, arrive à Camelot pour trouver le médecin de la Cour, Gaius, qui va lui servir de mentor. Il fait rapidement la connaissance d'Arthur Pendragon, le fils d'Uther, un parfait combattant doté d'une rare arrogance. Quand Merlin apprend qu'une prophétie le désigne pour protéger le Prince afin qu'il puisse accomplir sa destinée, il est catastrophé.
Merlin rencontre aussi Morgane, la pupille du Roi Uther, et Gwen sa servante. Sa route croise celle de Mordred, un jeune druide aux pouvoirs étonnants mais aussi celle de Lancelot, un très habile combattant qui rêve de rejoindre les Chevaliers de Camelot.
Dans un royaume où pratiquer la magie est punie de mort, le jeune Merlin arrivera-t-il à déjouer tous les pièges tendus sur le chemin d'Arthur sans révéler son secret ? Parviendra-t-il à vaincre la puissante sorcière Nimue ?
Saison 2 (2009 / 2010)
Merlin continue de veiller discrètement sur le Prince Arthur. Celui-ci perd peu à peu de son arrogance et le jeune magicien découvre un futur roi non seulement courageux mais aussi soucieux du bien-être de son peuple.
Morgane, la pupille du Roi Uther, réalise qu'elle a des pouvoirs magiques. Terrifiée par ses dons qu'elle ne maitrise pas, elle cherche des explications auprès des druides et retrouve le jeune Mordred. Mais celle qui va la rassurer et la guider secrètement est Morgause, une très puissante sorcière qui rêve de s'emparer du royaume de Camelot.
Pendant que de sombres projets menacent Camelot, Arthur tombe amoureux de Gwen, amour impossible entre un Prince et une simple servante...
Merlin va devoir faire des choix difficiles pour permettre à la prophétie énoncée par le Grand Dragon de s'accomplir. Pourra-t-il protéger Arthur et sauver Camelot ?
Saison 3 (2010 / 2011)
Morgane réapparait un an après sa disparition avec Morgause dans un tourbillon de poussières. La jeune femme semble heureuse de retrouver Camelot mais ce n'est qu'une façade, la pupille du Roi entend bien se venger de ceux qu'elle considère désormais comme ses ennemis.
De son côté, Morgause se trouve un précieux allié en la personne de Cenred, le souverain d'un des royaumes voisins qui rêve de faire tomber la Citadelle de Camelot.
Les pouvoirs de Merlin gagnent en puissance. Il continue à protéger Arthur de son mieux et trouve un allié dans cette mission en la personne de Gauvain, un remarquable combattant avec lequel il se lie d'amitié. Le Prince donne de nouvelles preuves de ses capacités de futur Roi de Camelot en se lançant dans de dangereuses quêtes. L'amour qui le lie à Gwen est plus fort que jamais et les deux jeunes gens ont de plus en plus de mal à cacher leurs sentiments.
Alors que Morgane et Morgause complotent contre la famille Pendragon et rêvent de s'emparer du trône, Merlin va une fois de plus avoir du mal à aider Arthur. Mais cette fois il ne sera pas seul, Elyan le frère de Gwen, Sir Léon le plus fidèle des Chevaliers de Camelot, Gauvain, Lancelot et même Perceval seront présents pour la terrible bataille qui s'annonce...
Saison 4 (2011 / 2012)
Le Roi Uther n'a pas supporté la trahison de Morgane. Il n'est plus que l'ombre de lui-même et passe désormais ses journées assis dans un fauteuil devant la fenêtre de sa chambre, les yeux perdus dans le vague. Puisque le souverain est incapable de gouverner, c'est son fils le Prince Arthur qui gère désormais le Royaume de Camelot. Il bénéficie du soutien moral et des conseils de son oncle, Agravain, frère de sa défunte mère Ygerne.
Morgane n'a pas renoncé à ses ambitions, elle convoite toujours le trône de Camelot. Sa vie d'ermite hors de la Cité n'a fait que renforcer son amertume et sa soif de vengeance. Ses pouvoirs se sont encore développés. Plus puissante, la jeune sorcière échafaude de vils plans pour arriver à ses fins. Un seul homme lui inspire de la crainte... un vieux sorcier apparu dans une vision... Emrys. Morgane est terrifiée par ce vieil homme qui elle en est persuadée - causera sa perte un jour.
Plus que jamais Merlin va devoir veiller sur Arthur. Le jeune Pendragon a encore bien du chemin à parcourir avant de devenir le légendaire Roi Arthur. Il peut compter sur le soutien de la femme qu'il aime, Gwen, sur celui indéfectible de ses fidèles chevaliers mais surtout, il a un ami qui lui reste loyal envers et contre tout et le protège dans l'ombre... Merlin.
Saison 5 (2012 / 2013)
Trois années ont passé et c'est âge d'or de Camelot. Arthur règne avec le soutien de son épouse Guenièvre, entouré par ses fidèles Chevaliers de la Table Ronde.
Morgane a encore gagné en puissance et cherche toujours à s'emparer du trône. Mordred est de retour à Camelot, quelles sont ses intentions ? La prophétie énoncée jadis par le Grand Dragon va-t-elle se réaliser ?
Plus que jamais, Merlin veille sur Arthur. Lui avouera-t-il enfin son plus grand secret ?
