A bord du Waverider, Vixen (Amaya Jiwe), assomme un à un les membres de l’équipage. Elle finit par s’en prendre à Mick. Nate arrive et la maitrise. Sa peau est devenue de l’acier. Il a maintenant des supers-pouvoirs. Sara discute avec Amaya. Un voyageur du temps a tué Rex Taylor. Elle a cru que c’était Mick. Pour Sara il s’agit surement du même pirate temporel que les Légendes pourchassent. Ray entraine Nate à maitriser son pouvoir. Mais l’entrainement tourne mal. La trappe s’ouvre et Nate est aspiré dans le flux temporel. Ray, alias The Atom, se lance à sa suite.
Ils atterrissent dans la région du Kansai, au Japon, en 1641. Ils ne s’écrasent pas au même endroit. Ray est capturé par les samouraïs du Shogun Tokugawa Iemitsu, tandis que Nate est recueilli par une jeune femme, Masako Yamashiro. Elle doit épouser le Shogun demain. Sara se rend au Japon en compagnie de Mick et d’Amaya. Ces deux là ont du mal à s’entendre. Pour Amaya Mick n’est qu’un criminel.
Pendant ce temps Jax et Martin s’occupent du Waverider. Ils découvrent un compartiment secret et un message secret venant du futur de Barry Allen, à l’attention personnel de Rip Hunter.
Au Japon Masako reçoit la visite des hommes du Shogun. Nate s’en mêle et les provoque. Il est persuadé d’être invulnérable. Il découvre qu’il ne maitrise pas encore son pouvoir et est blessé au ventre.
Le trio suit le signal de l’armure de Ray. Amaya refuse de croire à l’existence des ninjas contrairement à Mick. Sara le rejoint sur ce point. Amaya apprend alors que Sara est un peu comme un ninja, étant donné qu’elle a appartenue à une confrérie secrète entrainée à l’art de l’assassinat. Ils retrouvent l’armure. Toutefois ce n’est pas Ray qui la porte. Sara affronte un samouraï, sans difficulté. Cependant ils battent en retraite, avec Ray, évadé tout seul, face au Shogun dans l’armure. Ils retrouvent ensuite Nate chez Masako.
Néanmoins ils ne peuvent quitter cette époque sans l’armure de Ray. De plus, le Shogun Tokugawa Iemitsu, d’après l’Histoire, tue ses épouses. Nate refuse de laisser Masako subir ce destin. Les filles mettent un plan au point, pendant que Mick fait une sieste et que Ray entraine Nate. Transformé en acier, Nate sera capable de détruire l’armure. Ray, bouleversé, doit apprendre à Nate à détruire ce qu’il a mis des années à construire et qui fait de lui un héros. Il n’est rien sans elle. Le père de Masako lui fait remarquer que l'armure n'est rien sans l'homme qui est à l'intérieur. Il lui donne une armure de samouraï.
Le Shogun arrive. Ses hommes, à la recherche de Masako, se retrouvent face à Sara et Amaya. Mick se retrouve seul face à des ninjas. Il semble s’en être sortir car il rejoint les filles habillé en ninja. Ray et Nate combattent le Shogun. Nate fait exploser l’armure, le Shogun avec. Masako est sauvé, l’Histoire également. Ils peuvent quitter le japon féodal.
Mick est contrarié. Il aurait voulu une preuve tangible de l’existence des ninjas. De retour au vaisseau Amaya donne à Mick une étoile de ninjas. Elle a compris qu’il n’est pas aussi égoïste qu’il n’y parait. Jax et Martin gardent pour eux le message de Barry.