Le Tardis se matérialise en France. Observant l’environnement et les habitants qui les entourent, le Docteur sait qu'ils sont au milieu du XVIème siècle, l'époque de Charles Preslin, un apothicaire très en avance sur son temps qu'il désire rencontrer. Sortant de la maison de l'amiral de Colilgny, Gaston de Lerans s'insurge contre ce que font endurer les Catholiques aux protestants. Son ami Nicholas Muss est plus modéré. Ils se dirigent vers une taverne où Gaston boit à la santé de leur prince, Henri de Navarre. Lorsque Simon Duvall ajoute "Et à sa jeune épouse, notre princesse catholique", Gaston recrache le contenu de son verre. Simon Duvall demande au Tavernier d'observer, d'écouter et de lui rapporter ce que ces huguenots pourraient dire. Ils sont presque tous au service de l'amiral de Coligny. Simon s'en va au moment où le Docteur et Steven entrent dans la taverne. Le Docteur hésite beaucoup à laisser Steven errer dans les rues de Paris pendant qu'il va voir Charles Preslin, mais Steven réussit à le persuader, disant qu'il ne lui arrivera rien et qu'il sera prudent. Le Docteur quitte la taverne, s'excusant auprès d'un homme qu'il bouscule en sortant. Il s'agit de Roger Colbert, qui semble vouloir le suivre.
Steven a des difficultés pour payer car il n'a pas de petite monnaie mais Nicholas lui sauve la mise. Il en profite pour lui demander le chemin pour la Porte Saint Martin, son ami qui est scientifique est allé chez Monsieur Preslin et il pense qu'il a été suivi. Nicholas lui dit que c'est très dangereux à cette époque, il l'invite à se joindre à son groupe d'amis et ils iront ensuite ensemble à la Porte Saint Martin.
Le Docteur est arrivé à destination. Il frappe à la porte et n'obtenant pas de réponse, entre dans la boutique de l'apothicaire. A l'intérieur, un vieillard lui dit que Preslin a quitté Paris. Comme le Docteur lui dit qu'il ne le savait pas peureux, le vieil homme lui dit qu'il était surtout prudent. Le Docteur évoque les travaux de Preslin sur de petites créatures qui provoquent des maladies. Il explique qu'en Allemagne, un scientifique qui travaille sur l'optique essaie de fabriquer une machine qui permettrait de voir ces petites créatures. Il les appelle les germes. Voyant à quel point cette nouvelle intéresse le vieil homme, le Docteur comprend que c'est Charles Preslin, ce que le vieillard admet. Il doit être extrêmement prudent. L'époque est dangereuse pour les scientifiques. Preslin explique au Docteur que l'abbé d'Amboise déteste tous les scientifiques. Le Cardinal de Lorraine est parti à Rome et, étant son bras droit, l'abbé d'Amboise est venu à Paris. Et il est bien plus dangereux.
A la taverne, Steven se trouve avec Gaston de Lerans qui est là pour protéger Henri de Navarre et Nicholas qui est au service de l'amiral de Coligny. Comme on lui pose des questions et que Steven a peur de se trahir, il prend congé et demande qu'on lui indique le chemin pour la Porte Saint Martin. Steven et Nicholas sortent de la taverne et Nicholas montre le chemin avant de retourner à l'intérieur. Dans la rue, une jeune fille court pour échapper à des gardes. Elle percute Steven avant d'entrer dans la taverne. Le Capitaine et sa garde entrent à leur tour, exigeant qu'on leur livre la fille qui est au service de l'abbé d'Amboise. Voyant que Gaston s'y oppose et qu'ils seraient inférieurs en nombre dans la taverne, le Capitaine sort, disant que l'abbé en entendra parler. Gaston lui dit que l'abbé peut aller en référer au Cardinal à Rome. Gaston rappelle alors Steven auprès d'eux, les rues n'étant pas sûres pour un anglais. Steven s'inquiète pour la jeune fille qui avait l'air tellement effrayée. Gaston l’appelle auprès d'eux et la jeune fille explique qu'elle vient de Vassy. Elle a entendu le Capitaine dire que "cela" allait se reproduire, comme à Vassy. Nicholas explique qu'il y a 10 ans, à Vassy, les catholiques ont massacré une centaine de huguenots. Nicholas demande à la jeune fille, qui s'appelle Anne, de bien lui répéter tout ce qu'elle a entendu.
Simon Duvall reproche au Capitaine de s'être laissé arrêter par le vicomte de Lerans et à Roger Colbert d'avoir parlé devant la servante. Simon dit à Roger qu'il va devoir attendre l'abbé pour s'expliquer, quant au Capitaine, il doit retrouver la fille et chercher si elle a de la famille à Paris.
Nicholas suggère de cacher Anne chez l'amiral de Coligny. Cette conversation n'échappe pas au Tavernier qui avait été payé pour surveiller les huguenots.
Nicholas donne l'adresse de l'amiral de Coligny à Anne et Gaston part prévenir Henri de Navarre. Nicholas explique qu'Henri de Navarre, prince protestant, a épousé Marguerite de France qui est catholique par ordre de la reine mère afin d'apaiser les querelles religieuses qui déchirent la France. Hélas, il semblerait que les catholiques complotent contre Navarre.
Après quoi, Nicholas quitte Steven pour se rendre chez l'amiral de Coligny.
Steven reste assis, seul dans la taverne, et attend le retour du Docteur.
Charles Preslin a demandé à un jeune garçon de montrer le chemin au Docteur. Il espère qu'il arrivera sain et sauf.
Simon va dans la taverne où se trouve Steven et interroge le tavernier pour savoir où se trouve la fille. Il finit par lui dire qu'elle est chez l'amiral de Coligny. Simon donne un peu d'argent au tavernier, puis va saluer Steven, car le tavernier lui a dit qu'il était avec les huguenots. Simon lui dit qu'il sera bientôt l'heure du couvre-feu. Steven explique qu'il attend un ami pour partir. En espérant qu'il soit bientôt là, dit Simon, sinon ils ne pourront plus partir. Simon va ensuite demander au tavernier de surveiller pour savoir qui est cet ami attendu. Simon se cache lorsque Nicholas revient à la taverne. Nicholas s'étonne que Steven soit encore là. Il lui dit de l'accompagner chez l'amiral et dit au tavernier que si un vieil homme cherche l'étranger, de lui dire qu'il se trouve chez l'amiral et qu'il reviendra à la taverne au matin.
Peu après le départ de Steven et Nicholas, Simon s'en va également non sans avoir demandé au tavernier de lui faire un rapport complet.
Roger doit expliquer à l'abbé la fuite de la servante. L'abbé est très contrarié. Simon arrive et explique que la fille se trouve chez l'amiral de Coligny. L'abbé, qui ressemble à s'y méprendre au Docteur, dit à Simon d'aller la chercher et lui amener le lendemain.
Source : La Séance du Docteur