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L'APO est une division secrète de la CIA.
Cette organisation effectue des missions "trop lourdes" pour la CIA et bénéficie d'une plus grande liberté dans son champ d'action et dans ses méthodes notamment.
Cependant, elle est sous le contrôle de Langley. En fait, l'APO est comme le SD-6 mais cette fois, l'agence est réellement au service du gouvernement américain.
Les agents de l'APO sont tous issus, soit du SD-6, soit de la CIA, soit des services secrets argentins.
- Agent Sydney Bristow, recrutée dès le début de la saison 4 : agent de terrain et un des membres principaux.
- Agent Jack Bristow, recruté dès le début de la saison 4 : bras droit de Sloane, c'est-à-dire, 2ème chef (la fine équipe, comme au bon vieux temps...) et directeur dans la saison 5 puisque Sloane est emprisonné.
- Agent Michael Vaughn, recruté dès le début de la saison 4 : agent de terrain et un des membres principaux.
- Agent Marcus Dixon, recruté dès le début de la saison 4 : agent de terrain et un des membres principaux.
- Agent Arvin Sloane, chef de la section (sous les ordres de Chase quand même). Il n'a pas le droit de travailler sur certains dossiers et est donc écarté de certaines missions et affaires car il a déjà été mêlé aux personnes concernées ou a déjà travaillé avec. C'est la fameuse liste rouge.
La CIA ne veut pas courir le risque de se faire doubler. Il a été choisi car il a beaucoup de contacts et aider le gouvernement "conditionne" sa liberté. Il est très surveillé, notamment par Sydney et Marcus eux-mêmes.
- Agent Hayden Chase, directrice en chef de l'APO (sous les ordres de Langley)
- Agent Eric Weiss, agent de terrain, recruté à la suite de sa découverte de l'APO au cours d'une mission durant laquelle il a été retenu prisonnier avec Sydney par Martin Bishop. Recruté cependant très tôt, au troisième épisode, The Awful Truth.Il devient alors un des membres principaux.
- Agent Marshall Flikman, recruté pour son génie dans les nouvelles technologies vers le cinquième épisode de la saison. Il devient alors un des membres principaux.
- Agent Nadia Santos, agent de terrain, recrutée dès le début de la saison pour une mission particulière dans laquelle elle avait été un agent infiltré par le passé. Elle décide de rester membre permanent au APO après cette affaire et fait désormais partie des membres principaux.