Saison 2 (2014 / 2015)

Considérés comme une menace par le Conseil de Sécurité Mondiale, les agents du Shield doivent faire profil bas. Mais Coulson, devenu le nouveau directeur de l'agence, n'entend pas rester à ne rien faire alors qu'Hydra continue dans sa quête de pouvoir et que de nombreuses menaces planent sur le reste de l'humanité.

Saison 3 (2015 / 2016)

Le Directeur Phil Coulson se lance dans une nouvelle mission mortelle et secrète pour protéger le monde de nouvelles menaces à la suite des guerres du S.H.I.E.L.D. contre HYDRA et une faction rebelle d'inhumains.

Saison 4 (2016 / 2017)

A la lumière des Accords de Sokovie, et maintenant qu'H.Y.D.R.A. a été anéanti, le S.H.I.E.L.D. a de nouveau été légitimé et n'a donc plus besoin d'agir dans l'ombre. Alors que le monde pensait Phil Coulson mort, l'organisation a eu besoin d'un nouveau directeur (Jason O'Mara) pour être son nouveau visage. Coulson se retrouve donc à nouveau plongé dans l'action en tant qu'agent en duo avec Mack, et tous deux sont chargés de traquer et confirmer la présence de personnes améliorées, aussi appelées Inhumains. Ils ont tenté de traquer et capturer Daisy, alias Quake, devenue rebelle afin d'essayer de se racheter des ses péchés passés. Mais lorsque le monde se met à voir en elle une dangereuse hors-la-loi qui a détruit des banques et des ponts, le nouveau directeur n'a aucun scrupule à vouloir la mettre hors d'état de nuire une bonne fois pour toutes. L'Agent May est chargée d'entraîner des équipes d'intervention, tandis Fitz et Simmons ont franchi une étape supplémentaire dans leur relation. Mais lorsque Simmons est nommée Conseillère Spéciale du Directeur en Science et Technologie, Fitz et ses anciens partenaires ont du mal à se confier à elle ou lui faire confiance, étant donné qu'elle est la nouvelle confidente du directeur.

Robbie Reyes va débarquer en vrombissant dans la vie de Coulson et son équipe, en tant que mécanicien d'une casse capable de devenir instantanément le terrifiant Ghost Rider. Robbie sera-t-il un ami ou un ennemi pour le S.H.I.E.L.D. - en même temps que pour le reste du monde ? Dans le même temps, Fitz découvre que son ami le Dr. Radcliffe, un génie associal, met la touche finale à sa toute nouvelle invention secrète.

Saison 5 (2017 / 2018)

Les agents du S.H.I.E.L.D. sont envoyés de force 75 dans le futur à travers une pierre afin de réaliser une prophétie. Fitz a malheureusement été séparé d'eux. Après avoir passé plusieurs mois dans une cellule à faire des recherches pour tenter de comprendre la soudaine disparition de ses amis et à répondre à des questions, il réussit à contacter une aide extérieure pour s'évader. Ensuite, il rencontre une jeune voyante qui lui aide à comprendre où sont ses amis et à quelle époque. Il va réussir à trouver un moyen de les rejoindre pour pouvoir les aider...

Saison 6 (2018 / 2019)

L'équipe est séparée et opère sur deux fronts. Sur Terre, Mack dirige désormais le SHIELD et doit faire face à ses nouvelles responsabilités. Dans l'espace, Daisy et Jemma tentent de retrouver Fitz.

Saison 7 (2019 / 2020)