Saison 1 (2004 / 2005)
Le retour est difficile pour les 4400 : beaucoup ont perdu leur famille et ils doivent tous affronter la peur qui s’est emparée de la population. Jordan Collier décide de créer un Centre des 4400 pour se tenir à l’écart. Dans le coma depuis sa tentative d’enlèvement, Kyle est réveillé par le pouvoir de son cousin Shawn. Contrôlé à distance par une mystérieuse puissance, Kyle révèle à son père, l'agent Tom Baldwin, que les humains du futur ont enlevé ces personnes et leur ont donné des dons afin qu’ils sauvent l’humanité.
Saison 2 (2005 / 2006)
Six mois plus tard, Richard et Lilly fuient toujours avec leur fille Isabelle, mais Richard a peur des pouvoirs de sa fille. Le don de guérisseur de Shawn a été rendu public et il se retrouve seul à gérer le centre lorsque la vision de Maia se concrétise. Car après que Tom a subit une expérience de vie parallèle, il apprend que son fils Kyle, au cours d’une de ses pertes de conscience, a assassiné Collier. L’ayant livré aux autorités, il découvre que le NTAC a mis au point un vaccin destiné aux 4400.
Saison 3 (2006 / 2007)
Isabelle est subitement devenue adulte, entraînant ainsi la mort de sa mère. Comme le redoutait son père, des accès de violence la conduisent à abuser de ses terrifiants pouvoirs. Seul Shawn est en mesure de la calmer et il accepte de l’épouser afin d’éviter l’anéantissement de la civilisation. Mais Tom, devant l’ampleur des évènements, se décide à utiliser le sérum transmis par les gens du futur contre la jeune femme. Collier refait surface, bien vivant, permettant de libérer Kyle.
Saison 4 (2007 / 2008)
La Promicine se diffuse petit à petit au monde entier, permettant aux non-4400 de développer un pouvoir. Les conséquences sont nombreuses...