Durant une mission d'exploration sur Alpha 177, le technicien géologue Fisher est blessé lors d'une chute, et souille son uniforme avec une étrange poussière de fer magnétique. Il est téléporté en urgence à bord du vaisseau, mais la poussière semble avoir abimé le téléporteur, provoquant une surcharge. Scotty décontamine Fisher et l'envoie à l'infirmerie.
C'est au tour du capitaine Kirk de revenir sur le vaisseau : la téléportation se passe difficilement. Concentré sur son appareil, Scotty ne réalise pas que le capitaine Kirk n'est qu'une ombre de lui-même. Lorsqu'il apparait finalement, il est désorienté. Scotty décide de stopper momentanément l'emploi du téléporteur, et aide Jim à sortir de la pièce. Quelques instants plus tard, dans la pièce vide, un autre Kirk apparait, plus brutal et agressif. Il rôde dans le vaisseau, réclamant de l'alcool au Dr McCoy, qui alerte Spock, inquiet. Celui-ci en informe le "bon" capitaine, qui pense que le docteur lui fait une blague.
Pendant ce temps, le "mauvais" Kirk tente de violer Janice Rand, qui parvient à le griffer au visage. Fisher, venu visiter Janice, s'interpose. Le "mauvais" Kirk le frappe et s'enfuit. A l'infirmerie, Janice, terrorisée, raconte l'attaque à Spock et McCoy, en présence du bon Kirk qui nie, horrifié. Spock en déduit qu'un imposteur se trouve à bord du vaisseau.
Scotty découvre que c'est bien la poussière de fer qui a abimé le téléporteur : celui-ci fonctionne, mais par raison de sécurité, Sulu et le reste de l'équipe d'exploration ne peuvent pas être téléportés, les bloquant sur la planète alors que la nuit glaciale arrive.
Kirk pense qu'il faut informer l'équipage, mais Spock lui rappelle qu'il ne peut pas risquer son image et leur foi en lui. Il risquerait de perdre son vaisseau. Kirk le savait, et se demande pourquoi il l'avait oublié. Il annonce à la place à l'équipage qu'un imposteur est présent à bord, et peut être identifié avec les marques que Janice a laissées sur son visage. Il ordonne de le retrouver, mais ne pas le blesser. Le "mauvais" Kirk l'entend dans leurs quartiers, et, furieux, détruit le moniteur sur le bureau, avant de hurler à pleins poumons qu'il est le capitaine Kirk. Ses marques dissimulées par du maquillage, ce Kirk sort incognito dans le couloir et emprunte son phaser à un de ses hommes, avant de l'assommer avec.
L'autre Kirk et Spock se demandent où il peut se cacher : Kirk répond immédiatement dans l'ingénierie. Un jeu du chat et de la souris s'engage entre les deux versions, qui se confrontent finalement face au coeur nucléaire. Alors que la mauvaise partie va tuer la bonne, Spock l'assomme, mais le mauvais Kirk tire accidentellement dans le générateur du transporteur, rendant encore plus difficile le sauvetage de l'équipe sur la planète.
La situation devient de plus en plus critique pour celle-ci, qui est confrontée à des températures atteignant les -70°. Kirk échange avec Sulu, tentant de le rassurer alors qu'il perd peu à peu confiance en ses capacités. C'est finalement Spock qui intervient, et demande à Sulu de tenir bon.
Le "mauvais" Kirk hurle sur le lit médical où il est attaché, son corps souffrant des conséquences de la duplication. L'autre Kirk lui prend la main et l'encourage à penser avec son esprit, pas sa sauvagerie. McCoy l'invite à prendre un verre : en échangeant avec lui, Jim réalise qu'il a besoin de sa partie négative, mais refuse. McCoy lui assure que tout le monde a une part sombre en soi et affirme que c'est elle qui lui permet de commander.
Spock et Scotty ont réussi à réparer le téléporteur : ils effectuent un test sur un chien, précédemment séparé en deux. L'animal reprend une seule forme, mais meurt, n'ayant pas pu gérer le choc d'avoir eu ses deux parties réintégrées de force.
Alors que Sulu approche de la mort, Kirk décide de libérer sa part négative pour l'emmener au téléporteur, mais celui-ci l'attaque et prend sa tunique. Il se fait passer pour le bon Kirk auprès de Janice et lui révèle la vérité, expliquant que c'est la partie violente en lui qui l'a agressée. Sur la passerelle, il ordonne au navigateur de partir et abandonner Sulu et son équipe, affirmant qu'ils ne peuvent pas être sauvés. Le bon Kirk apparait à son tour sur la passerelle avec McCoy pour le confronter. Si l'équipage est d'abord confus, le mauvais Kirk craque finalement, hurlant et pleurant qu'il veut vivre, avant de tomber dans les bras de l'autre partie.
Les deux Kirk sont finalement réintégrés ensemble, faisant réapparaitre le capitaine, qui ordonne immédiatement de sauver Sulu et son équipe. Ces derniers souffrent de gelures mais sont en vie.
Sur la passerelle, Janice tente d'expliquer maladroitement au capitaine ce que la version mauvaise lui a expliqué. Mais Kirk coupe la conversation en la remerciant, avant de partir. Spock commente sur les qualités "intéressantes" de l'imposteur, irritant Janice qui part, alors que Kirk ordonne de quitter l'orbite de la planète pour continuer leur mission.
