Saison 2 (2005 / 2006)
Aelita est victime d'un virus de XANA, qui les relie dans le sens où si l'un meurt, l'autre meurt aussi. Jérémie doit trouver l'antivirus. XANA de son côté veut voler la mémoire d'Aelita afin de s'emparer des clés de Lyoko et de s'échapper du supercalculateur. Dans cette saison, Jérémie et les autres en apprendront plus sur les origines de Lyoko et XANA
Saison 3 (2006 / 2007)
XANA s'étant réfugié dans le réseau, Jérémie cherche un moyen d'envoyer les lyoko-guerriers là-bas. D'un autre côté, XANA décide de détruire l'univers virtuel en s'attaquant au cœur de Lyoko se trouvant dans le 5e Territoire. XANA peut désormais xanatifier Aelita par le biais de la méduse sur Lyoko afin d'entrer un nouveau code dans la tour de passage d'un des territoires : Code XANA, permettant la destruction immédiate du territoire et ainsi empêcher l'accès au 5e territoire. Jérémie doit donc trouver l'accès direct au 5e Territoire.
Saison 4 (2007 / 2008)
Jérémie réussit à reconstruire Lyoko, détruit par William sous le contrôle de XANA quelque temps avant. XANA veut envoyer Aelita dans la mer numérique afin de faire sortir Franz Hopper et le détruire. Dans le réseau, XANA a créé des répliques de Lyoko (Réplikas) et peut se servir de leur énergie pour faire apparaître un nouveau monstre : le Kolosse. Sans oublier que XANA a une toute nouvelle arme redoutable: William, qui donne du fil à retordre au Lyoko-guerrier lors de ses apparitions. Jérémie doit trouver un moyen de libérer William et cherche un moyen d'en finir pour de bon avec XANA. Grâce au Skidbladnir, les lyoko-guerriers peuvent aller dans le réseau traquer XANA et détruire les réplikas.
Saison 5 (2012 / 2013)
Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, et Odd retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition, et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.