Saison 1 (2001 / 2002)
Les Mutant X sont confrontés à leur ennemi de toujours : l'ASG avec Eckhart à sa tête, qui tente de capturer Adam et ses coéquipiers tout en traquant les nouveaux mutants
A la fin de la saison, Eckhart est mis en coma forcé par Gabriel Ashlocke, le premier enfant de Genome X qui réussit à s'échapper de l'agence
Les Mutant X n'ont désormais plus rien à craindre de Mason Eckhart ....
Saison 2 (2002 / 2003)
Gabriel Ashlocke, le premier enfant de Genome X, aux multiples pouvoirs, tente de convaincre les mutants de le rejoindre au sein de l'Alliance, une secte qu'il a créée et dans laquelle les membres le vénèrent comme un DIeu.
Mutant X devra contrecarrer ses plans pour pouvoir atteindre son but premier.
A l'issue de la saison, Emma meurt et Adam est porté disparu.
Saison 3 (2003 / 2004)
Shalimar, Jesse et Brennan font face tant bien que mal à l'absence d'Emma et Adam. Ils sont rejoints par la mystérieuse Lexa, qui ne laisse pas Jesse indifférent.
La belle est en contact avec une puissante organisation nommée les Dominions, des sages chargés de contrôler l'évolution de la technologie dans le monde.
Sous leurs ordres, ils empêcheront l'accomplissement de nombreux désastres technologiques. Mais quand Adam reparaît au Sanctuaire en annonçant que l'ennemi à combattre se trouve être les Dominions, c'est la vie entière de Mutant X qui bascule.
S'engage alors une lutte sans merci ...