L'USS Enterprise se rend à Starbase 11, après avoir reçu un message. A leur arrivée, cependant, le capitaine Kirk, Spock et McCoy apprennent par l'assistante du commandant, le Commodore José Mendez, que la base n'a jamais envoyé de message. Kirk insiste sur le fait que Spock a reçu un message urgent de son ancien capitaine, Pike. Le commodore lui apprend que celui-ci a subi un terrible accident qui l'a exposé à des rayons deltas, le laissant handicapé à vie et atrocement défiguré. Confiné dans une chaise roulante, il est incapable de communiquer autrement que par un bouton disant "oui" ou "non".
Spock demande un moment seul avec son ancien capitaine : il lui dit que Pike sait pourquoi il est là, et qu'il est conscient qu'il va commettre une trahison et une mutinerie, mais qu'il n'a pas le choix. Pike ne peut que répéter "non".
Dans le bureau de Mendez, Kirk continue de défendre l'affirmation de Spock. Mendez lui montre les enregistrements, qui prouvent l'absence de transmission, et insiste sur l'impossibilité pour Pike de l'envoyer. Kirk rappelle que Spock n'avait qu'à demander l'autorisation de visiter Pike pour l'obtenir. Il n'existe aucune raison non plus de les détourner vers la base. Pendant ce temps, Spock s'introduit dans le centre informatique, afin de créer une fausse transmission vers l'Enterprise.
L'assistante de Mendez, Miss Piper, les rejoint avec un nouveau rapport déniant de nouveau toute transmission. Elle mentionne l'extrême loyauté de Spock envers son ancien capitaine, irritant Kirk qui rappelle qu'un Vulcain est incapable d'être déloyal. Mais Mendez et Piper insistent que Pike n'aurait jamais pu envoyer le message. A bord du vaisseau, Uhura reçoit le message créé par Spock, avec de nouveaux ordres, secrets et à être envoyés directement dans l'ordinateur. Elle demande confirmation : c'est à ce moment que Spock est surpris par un membre de la base, qu'il assomme. Il emploie ensuite un enregistrement de la voix de Kirk pour confirmer les ordres donnés et demander à s'adresser à Spock. Il explique que l'ordinateur dirigera le vaisseau, et interdit de discuter ses ordres ou contacter la base.
Kirk et McCoy tentent de comprendre les évènements : ils échangent sur la condition de Pike et les limites de la médecine. Lorsque Kirk commence à s'interroger sur la véracité des paroles de Spock, McCoy s'indigne, rappelant qu'il s'agit de l'être le plus loyal possible. Il reçoit l'ordre inattendu de revenir sur le vaisseau pour une urgence médicale, ne laissant que Jim sur la base.
Mendez révèle à Kirk un rapport top secret sur la planète Talos IV, qui est interdite d'accès sous peine de mort. L'Enterprise dirigée par le capitaine Pike est le seul vaisseau à l'avoir autrefois visitée - à son bord, Spock. Piper découvre la disparition du capitaine Pike. L'Enterprise est partie et ne répond pas à leurs appels.
A bord du vaisseau, Spock ordonne de ne pas répondre aux appels, et affirme qu'il remplace le capitaine, en arrêt médical. McCoy ne le croit pas : Spock l'emmène auprès du capitaine Pike, et passe un faux enregistrement de Kirk, lui ordonnant d'obéir à Spock sans poser de question. Tout le long, Pike cligne "non". Spock retourne sur la passerelle, où il apprend qu'ils sont suivis par une navette, et ordonne de ne pas faire contact. Il s'agit du capitaine Kirk et du Commodore Mendez. Lorsqu'ils se retrouvent à court de carburant, Spock arrête le vaisseau et ordonne de les téléporter à bord, avant de se rendre à McCoy, expliquant qu'il a commis une mutinerie. Celui-ci le confine dans ses quartiers. Kirk découvre que les ordres placés par Spock ne peuvent être annulés : le vaisseau se rendra à Talos IV, malgré l'interdiction.
Spock réfute l'audience préliminaire et demande à passer en cour martiale, rappelant qu'ils disposent des trois officiers supérieurs nécessaires : Kirk, Mendez, et Pike. Mendez dirige la cour martiale, et rappelle que Spock risque la peine de mort. Pour sa défense, celui-ci fait diffuser des images de son aventure sur Talos avec Pike, treize ans auparavant. L'équipage y avait répondu à un appel de détresse lancé par les survivants d'un crash. Tous étaient très âgés, à part Vina, une très jeune femme née peu de temps avant le crash. Les images sont telles que Kirk et Mendez doutent de leur véracité, mais Pike confirme qu'elles sont réelles. Spock refuse d'en révéler tout de suite la source. La tension est grande dans la pièce.
Sur l'écran, Pike est enlevé par les Talosiens, un peuple de puissants télépathes capables de créer toute sorte d'illusions. Le procès est interrompu par Uhura, qui leur apprend que Starfleet a découvert qu'ils recevaient des images de Talos IV, ce qui est interdit. Jim perd sa place, et est remplacé par Mendez. Bouleversé, Spock rappelle qu'il est le seul responsable de ses actes, mais un capitaine est responsable de son équipage. Mendez ordonne à Spock de libérer le vaisseau, ce qu'il refuse. Restés seuls, Kirk le confronte, furieux : Spock lui demande de le croire et de terminer le visionnage, pour sauver sa carrière et Pike. Kirk ordonne qu'il soit enfermé, et reste seul, effondré.
A suivre...